Far Cry 3-spelare iklär sig rollen som Jason Brody, en man ensam vid världens ände, strandad på en mystisk tropisk ö utan kontakt med civilisationen. I detta barbariska paradis, där laglöshet och våld härskar, dikterar spelarna när, var och hur händelserna i spelet ska utveckla sig. De hackar, smyger, detonerar och skjuter sin väg över ön i en värld som har förlorat all känsla för rätt och fel.