Just när Megamind blivit vår nya superhjälte uppstår en helt ny våg av kriminalitet i staden. Skurkarnas organisation ”The Doom Syndicate” och deras ”Doom Goons” har krypit upp till jordens yta och med sin plan att erövra staden måste Megamind göra allt vad han kan för att hindra dem. Tack vare sitt batteri av olika förmål har han chansen att stoppa skurkarna men han behöver din hjälp.