I X-men Destiny styr spelaren ödet för en av tre nya mutantkaraktärer och tvingas välja mellan att rädda mänskligheten eller att säkra dess undergång. Handlingen, som utarbetats av Marvels hyllade författare Mike Carey baseras på alternativ, vilket gör att spelaren kan skräddarsy inriktning, krafter och mutantens utveckling. Det är också spelaren som bestämmer vilken roll karaktären ska ha - ska han strida med eller mot mutanterna. Häri ingår några av Marvels största X-Men-karaktärer, till exempel Magneto, Cyclops, Wolverine och Gambit. Det här är ett action-/RPG-spel i tredjeperson där utvecklade x-gener ger utrymme för större anpassningsmöjligheter för spelarens krafter och spelaren får chansen att använda sin favoritmutants färdigheter. Utveckla mutantfärdigheterna på unika sätt och ge dig in i snabba och hänsynslösa strider, spektakulära kombinationsdrivna attacker och lönande avslutande utfall mot en mängd motståndare som är fast beslutna att försvara det de tror på.